1、墻面粗糙
硅藻泥可以完成個性化的復雜肌理制作，但這其實也是一個缺點。用硅藻泥砌的墻，摸起來比較粗糙，凹凸不平，并沒有油漆的光滑細膩。如果要求如乳膠漆一般表面平整光滑，硅藻泥是無法實現(xiàn)的。
2、污漬難處理
硅藻泥因為表面多孔結構的存在，如遇到一些滲透性強的污漬，尤其是液體性的，很可能會因滲透過深而留下不可逆轉的“疤痕”。而且硅藻泥有泥的特性，是不能用水擦洗的。
3、施工相對不易
硅藻泥是以功能性見長的材料，施工時也有很多格外要注意的地方。
4、粘接度不夠
硅藻泥的很多功能特性都源自于硅藻土自身的調節(jié)濕度、呼吸水分功能，但硅藻土本身是無法保證足夠粘結強度可以粘在墻上的。
5、不易調色
硅藻泥自身為白色，肌理圖案較為單調，要做出其他顏色則必須加入顏料。與壁紙豐富的花色，活躍的色彩，多變的造型相比要差很多。
6、不防水
硅藻泥由于其自身結構，吸水性很強，因此它不防水，不能用于過于潮濕的地方，比如廚房衛(wèi)生間這些地方容易潮濕不能使用硅藻泥裝修，這是硅藻泥裝修的局限性。
7、硬度不夠
硅藻泥畢竟是“泥”，其硬度與瓷磚等不能做比較，但與其他涂料一樣，不分伯仲，涂料與板料進行比較有所不妥，本身不是一個類型的材料。
8、價格較貴
與乳膠漆等相比硅藻泥的價格比較高，一般在三四百元以上每平米，普通工薪階層出于經濟情況都不會選擇這么貴的材料進行家居裝修。但與中等涂料油漆、乳膠漆、壁紙等已經價格相當，這與硅藻泥的發(fā)展有關。
